El CNZFE ofrece un gran número de servicios, destacándose los siguientes:
1. Otorgamiento de permisos de:
a. Instalación de empresas en zonas francas.
b. Instalación de parques y zonas francas especiales (las que requieren establecerse fuera de un parque industrial).
2. Ventas y exoneraciones de productos.
3. Certificaciones de empresas condicionadas y residencias.
4. Traspaso de beneficios.
5. Cambios de nombre y de ubicación.
Estas solicitudes de trámites pueden ser ingresadas a la CNZFE mediante el proceso de Servicio Expreso, instaurado en el año 2006, y que reduce los tiempos de atención a unas horas.